Poziom odniesienia dla każdego okresu obliczono dzieląc całkowitą roczną liczbę bezpłatnych uprawnień dla okresu rozliczeniowego obejmującego 2012 r. i lata 2013-2020 przez sumę tonokilometrów wynikającą z wniosków przedłożonych Komisji przez przewoźników. Wnioski przewoźników opierają się na niezależnej weryfikacji danych dotyczących tonokilometrów odnoszących się do roku kalendarzowego 2010.
Formalnie przydział bezpłatnych uprawnień dla poszczególnych przewoźników zostanie przeprowadzany przez państwa członkowskie, które przemnożą poziom odniesienia przez dane o tonokilometrach z 2010 r. dla każdego przewoźnika. Państwa członkowskie mają obowiązek ustalenia indywidualnych przydziałów w ciągu trzech miesięcy od opublikowania decyzji o poziomach odniesienia.
Poziom emisji gazów cieplarnianych w UE, za który odpowiada lotnictwo, szybko rośnie – od 1990 r. ich wielkość niemal się podwoiła. Ocenia się, że samolot lecący z Brukseli do Nowego Jorku i z powrotem generuje 800 kg dwutlenku węgla na jednego pasażera. Lotnictwo odpowiada za około 10% emisji gazów cieplarnianych objętych systemem EU ETS.
W 2010 r. linie lotnicze monitorowały swoją działalność pod kątem przemierzonej odległości oraz liczby pasażerów i wielkości przewiezionego ładunku (w tonokilometrach). Na tej podstawie oraz na podstawie danych dotyczących 2010 r. o bezpłatne uprawnienia wystąpiło ponad 900 linii lotniczych, w tym wszyscy przewoźnicy komercyjni prowadzący rozbudowaną działalność na trasach do i z Europy. W kwietniu 2013 r. linie lotnicze po raz pierwszy będą musiały zwrócić uprawnienia w związku z emisjami spowodowanymi lotami z oraz do UE w roku 2012. Podobnie jak zakłady przemysłowe, linie lotnicze otrzymywać będą większość uprawnień bezpłatnie w cyklach rocznych.
Przewiduje się, że włączenie lotnictwa do systemu EU ETS będzie miało ograniczony wpływ na ceny biletów. Opierając się na aktualnej cenie uprawnień do emisji dwutlenku węgla, rzeczywisty koszt jednego biletu za lot transatlantycki wzrośnie o mniej niż 2 euro, zakładając, że wartość bezpłatnych uprawnień nie zostanie przeniesiona na pasażerów. W przeciwnym razie cena biletu może wzrosnąć o około 12 euro.
Liczba bezpłatnych uprawnień do podziału w całym EOG została ustalona na mocy decyzji Wspólnego Komitetu EOG nr 93/2011 z dnia 20 lipca 2011 r. zmieniającej załącznik XX (środowisko) do Porozumienia EOG.  

I. Zbonikowska