Józef Życiński urodził się 1 września 1948 r. w Nowej Wsi koło Piotrkowa Trybunalskiego. W 1972 r., po ukończeniu studiów w Wyższym Częstochowskim Seminarium Duchownym w Krakowie, przyjął święcenia kapłańskie. W 1976 r. na Wydziale Teologicznym w Krakowie uzyskał stopień naukowy doktora teologii. Drugi stopień doktora, tym razem filozofii, uzyskał na Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. Habilitował się w roku 1980 na podstawie pracy: „Prostota i dyskonfirmowalność jako kryteria heurystyczne w kosmologii relatywistycznej". W latach 1982-1985 pełnił funkcję prodziekana, a od 1988 do 1990 r. dziekana Wydziału Filozoficznego tej uczelni. Jest inicjatorem serii zeszytów Zagadnienia Filozoficzne w Nauce, wydawanych przez PAT, edycji angielskiej Philosophy in Science wydawanej przez PAT, Obserwatorium Watykańskie i Uniwersytet w Tucson, oraz serii wydawniczej Philosophy in Science Library, poświęconej problematyce interdyscyplinarnej, wydawanej przy współpracy  z Obserwatorium Watykańskim.
Od 4 listopada 1990 r. do 14 czerwca 1997 r. był biskupem tarnowskim. 14 czerwca 1997 r. został mianowany arcybiskupem metropolitą lubelskim. Ingres do archikatedry lubelskiej pw. św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty odbył 29 czerwca 1997 r. Został wówczas 11. rządcą diecezji i drugim metropolitą lubelskim. Pełnił również urząd Wielkiego Kanclerza Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Był też jednym z najbardziej aktywnych członków Papieskiej Rady ds. Kultury. W latach 1999-2005 należał do Wspólnej Grupy Roboczej Kościoła Katolickiego i Światowej Rady Kościołów.
Przewodniczył Radzie Programowej Katolickiej Agencji Informacyjnej. Uczestniczył również jako konsultant, współpracownik i członek w pracach wielu światowych środowisk naukowych. Był m.in. członkiem Europejskiej Akademii Nauki i Sztuki w Salzburgu, Rosyjskiej Akademii Nauk Przyrodniczych oraz Komitetu Biologii Ewolucyjnej i Teoretycznej Polskiej Akademii Nauk. Zasiadał w Radzie Naukowej Fundacji Johna Templetona, przyznającej nagrody określane mianem „teologicznego Nobla".
Abp Życiński był pomysłodawcą i organizatorem trzech Międzynarodowych Kongresów Kultury, jakie odbyły się w Lublinie.
Otrzymał doktorat honoris causa kilku uczelni, m.in. Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie i lubelskiej Akademii Medycznej.
Był autorem wielu książek eseistycznych o kulturze, nauce, społeczeństwie, m.in. „Medytacje sokratejskie", „Bóg i ewolucja. Podstawowe pytania ewolucjonizmu chrześcijańskiego", „Bóg postmodernistów. Wielkie pytania filozofii we współczesnej krytyce moderny", „Odyseusz czy playboy? Kulturowa odyseja człowieka". Abp Życiński miał także bogaty dorobek publicystyczny; przez lata systematycznie publikował eseje w „Rzeczpospolitej" (wydania książkowe obejmują pięć zbiorów), co tydzień pisał refleksje biblijne dla „Tygodnika Powszechnego".
Interesował się filozofią nauki, kosmologią relatywistyczną, metalogiką, historią nauki i badaniem relacji między nauką a wiarą, filozofią procesu Whiteheada i jej rolą we współczesnym wykładzie chrześcijańskiej doktryny.